Agenda riset di bidang Reaktor Nuklir meliputi kajian tentang disain dan keselamatan reaktor Nuklir khususnya untuk reaktor Nuklir generasi IV yang emiliki keunggulan keselamatan inheren, dapat memanfaatkan cadangan uranium alam secara efisien, ekonomis, mampu mengolah limbahnya sendiri, dan sulit disalah gunakan untuk proliferasi senjata Nuklir. Secara lebih rinci kajian meliputi aspek netronik (pemecahan persamaan transport netron/difusi netron, analisa burnup, analisa siklus bahan baker, dan analisa proteksi radiasi), analisa termohidrolik (analisa distribus panas multi kanal, analisa pembangkit uap, dll), serta analisa keselamatan yang merupakan gabungan analisa netronik transient dan termohidrolika transient. Dalam rangka mempersiapkan era PLTN di Indonesia maka dikembangkan riset dengan overlap area yang cukup besar dengan teknologi reaktor LWR yang kemungkinan besar akan dipilih sebagai PLTN pertama di Indonesia. Selain itu kami juga menciptakan perangkat-perangkat yang mendukung persiapan PLTN pertama di Indonesia (program, data base, sistem analisis, emulator). Dalam bidang Fisika Nuklir teoritis kajian meliputi fenomena struktur inti dan reaksi nuklir menggunakan pendekatan mekanika kuantum benda banyak dan berbagai teori mutakhir lainnya. Selain itu juga dikaji aspek data Nuklir yang diperlukan untuk analisa reaktor Nuklir di atas.
Agenda riset di bidang biofisika diarahkan untuk mengkaji mekanisme fisis pada sistem biologi (molekul, sel, organ). Ini meliputi bidang biofisika molekular, biofisika membran, serta biofisika radiasi dan fisika medis. Di bidang biofisika molekular, riset dilakukan untuk mempelajari hubungan struktur dan fungsi biomolekul yang merupakan dasar dari reaksi biokimia yang banyak terjadi pada sistem biologi. Saat ini riset di bidang ini difokuskan pada mekanisme bioluminisensi. Di bidang biofisika membran, riset dilakukan untuk mempelajari fenomena transport yang merupakan dasar dari sistem regulasi serta pengukuran-pengukuran fisis pada sistem biologi. Saat ini riset di bidang ini difokuskan pada efek polutan pada transport ion melalui membran sel serta aplikasi metoda cellular automata untuk dinamika fluida melalui membran. Sedangkan di bidang biofisika radiasi dan fisika medis, riset dilakukan untuk mempelajari interaksi radiasi pada materi biologi serta aplikasi fisika pada fungsi-fungsi tubuh manusia dan praktek-praktek kedokteran. Saat ini riset di bidang ini difokuskan pada pengembangan metoda medical imaging seperti MRI, CT scan dan USG, pengembangan metoda medical treatment planning, nuclear medicine serta networking ini hospital.