Memiliki kolaborasi dengan universitas dan lembaga penelitian tingkat dunia merupakan hal yang sangat penting untuk menjaga program akademik dan kualitas penelitian yang baik. Untuk alasan tersebut, Prodi Magister Ilmu dan Rekayasa Nuklir serta Prodi Doktor Rekayasa Nuklir bekerjasama dengan:
- Badan Riset dan Inovasi Nasional (BATAN, LIPI)
- Waseda University
- Badan Pengawas Tenaga Nuklir (BAPETEN)
- University of Electro-Communications Tokyo
- Kyushu University
- Osaka University
- IMT (Institute Mines Telecom) Atlantique Bretagne Pays de la Loire
- Tokyo City University
- Tokyo Institute of Technology